行政院衛生署疾病管制局建議在防治上，應注意人工水體環境管路之設計、平時操作及保養方面等管理措施，並應定時施以清潔及消毒工作。常用來控制退伍軍人菌的消毒措施包括：加熱法、加氯法、銅銀離子消毒法、臭氧與紫外線等方式。
