甯瑪派以九乘次第說修習，由小乘有部（毘婆沙部）起修，而至甯瑪派的「大圓滿」法門，悉依根器而建立修習。這應是西元八世紀時，由印度傳入西藏的修持系統，而且是屬於「瑜伽行中觀」的系統。這修習系統，如今只有甯瑪派將之保存。
這法門殊勝之處，在於不高高立一見地，且依此見地而高高修習。甯瑪派學人即使只修聲聞乘的止觀，上師亦許可，只會提醒其學人於建立「出離心」外尚須建立菩提心，引導其趨向菩薩乘；同樣，對修習菩薩乘（如四無量心、六波羅蜜）的弟子，亦只會提出須修「瑜伽行」然後始能證得清境見，如是即引導其趨向四部瑜伽（密法），期依次第現證究竟實相。