本書故事發生在西元一八八四年（清光緒十年）的中法戰爭期間。
「大巡撫」是指台灣首任巡撫劉銘傳。中法戰爭結束後，清廷感到台灣這塊孤懸海上的島嶼，在海防有非常重要地位，因此光緒十一年將台灣建省，並任命中法戰爭中抵禦法軍，保臺有功的劉銘傳為首任巡撫。劉銘傳接任後立即開始建設台灣，包括開山撫番、興建新式學堂、建設鐵路、改革郵政等多項措施，使台灣成為當時中國最早使用電燈、最早興建鐵路的省份，為台灣的現代化奠下良好的基礎。
「小飛毛」則是台北府城中的一個富有正義感的少年阿吉，他在一個偶然的機會認識了相同年齡的凱達格蘭族少年薩布魯與他的姊姊伊蓮娜，並在無意間救了劉銘傳的愛將吳宏洛，他們共同經歷了原住民部落與部落間的戰爭，也參與協助劉銘傳抵抗法國人，更陷入漢人與原住民的紛爭裏，經歷了人世間的悲歡離合，見證台灣邁向現代化的起步。
「大巡撫」與「小飛毛」這兩個歷史上真實的人物與小說中虛構的少年，在這本書裡相遇，並且看著台灣第一輛火車「騰雲號」騰雲駕霧般向原野奔去，請大朋友與小朋友一起跟著小飛毛的腳步奔跑，進入「大巡撫與小飛毛」的世界，與他們共同冒險、共同流淚、共同歡笑。