在2006-2007年台灣人權報告，我們區分成三大部分，第一部份是「專題」，希望針對特定之議題，能有較深入的文字來探討；第二部分是「人權報告」，再分為精神自由（如信仰、言論、集會結社等等）、人身自由（如行動、遷徙、搜索、司改、廢死等）、隱私權（如個資、指紋建檔、監視器等）、年齡性別（如老年、兒童、婦女、同志等）、身障疾病醫療（如漢生病、HIV/AIDS、精神病等）、族群（如原住民族、外勞、外配等）等六大部分，每一部分將相關之新聞記錄，並提供有關之總評、專論、短評；第三部分，台灣人權促進會工作案之紀錄，如新聞討、採訪通知等。
人權報告部分的分類上，以人身自由為例，我們不侷限於狹隘的行動自由，而更涵蓋包括司改和廢死等議題，較著眼於台權會行政分工或呈現上之需要，且其實往往有些事件是具有多面向之意涵，例如族群之議題與人身自由、精神自由等亦相關。基於能量之限制，雖然興建蘇花高等「環境」議題也列入我們台權會十大年度新聞中，但在此份人權報告中只能割愛，我們將其納入族群議題中之原住民部分探討。此外，在人權報告中，我們儘可能對各分類的新聞提供整體的檢討與評估，無法提供總評（如人身自由、原住民、身障疾病醫療）的部分，則針對該分類中特定議題提供專論或短評。在台灣人權促進會之工作案呈現上，所附上的新聞稿與採訪通知，紀錄了我們介入人權議題的觀點與方式。當然，工作案與人權報告相輝映，也提供我們未來行動的方向與待努力之空間。