抗日戰爭爆發，為了不使中國高等教育凋零，北京大學與清華大學、南開大學南遷昆明，改稱「西南聯合大學」，1946年始在北京復學。北大的自由汲取了清華的嚴謹及南開的精幹，西南聯大的學生及教授素質之高，前所未有。大量的菁英人才如楊振寧、李政道等諾貝爾物理學獎得主，更在此間被培養出來。
