行政院海岸巡防署自西元2000年1月28日成立迄今，已逾6年，這段期間依其發展之過程可概分為三個階段：
第一階段即成立之第1~2年：乃軍、警、關務及文官等各類人員不同文化的「磨合期」。
第二階段即成立之第3~4年：為任務的「轉型期」，尤其是軍職同仁，原來擔負國防任務，轉型為負責海域治安。
第三階段即成立之第5~6年迄今：為「開發期」，亦即從原來以海域治安為主的職責外，加重海上救難、護漁、海洋環保、海事服務以及海洋事務等推動工作。
這些年來，先後歷由姚高橋先生、王郡先生、許惠祐先生及王進旺先生擔任署長，由於他們卓越領導，使這個被外界認為「是軍是警」又是「非軍非警」由多種人員組成的機關，不僅得以一路平穩的走過來，甚且在岸海巡防的整體工作上有著優異的表現。