本書改編自莊華堂的得獎小說《巴賽風雲》，故事情節分成三條主線，第一條主線是以擬真的手法，紀錄1990年代，台北縣八里十三行考古現場的發掘工作，從出土的各種文物再建構出400年前的另外兩條主線，另外兩條主線描述380年前凱達格蘭平埔族的故事，與400年前荷蘭東印度公司對台灣的統治與掠奪。
《凱達格蘭的女兒》延續了《巴賽風雲》的格局，從台灣遭遇荷蘭商隊、鄭氏王朝、日本海盜等歷史事件，到種族、血緣甚至宗教等所造成的衝突，都被巧妙的穿插在故事裡，這部少年小說的主角，屬於平埔族的凱達格蘭與巴賽人，不適農耕卻精於航海，但隨著西班牙人、荷蘭人、日本人、鄭成功等人陸續登陸，居於沿海的平埔族便首當其衝，在同化與武力兩種力量影響下，平埔族便成了歷史。
本書特別配合漫畫家邱若龍的插圖，透過圖像與解說，更適合少年朋友閱讀，邱若龍是目前「海角七號」導演魏德聖新作「塞德克巴萊」的美術指導與顧問，對原住民文化研究很深，他的插畫具體呈現了當時的樣貌，讓這部少年小說更有吸引力。