清代臺灣關係諭旨檔案彙編》共九冊。收錄清雍正元年（1723）至宣統三年（1911）清帝國所頒發之臺灣相關諭旨以及保存於諭旨類檔冊中的奏摺、奏片等非諭旨文件。
本書選錄文件之資料來源，以中國第一歷史檔案館出版的《雍正朝漢文諭旨匯編》（共十冊）、《乾隆朝上諭檔》（共十八冊）、《嘉慶道光兩朝上諭檔》（共五十五冊）、《咸豐同治兩朝上諭檔》（共二十四冊）、《光緒宣統兩朝上諭檔》（共二十冊）為主體，輔以臺灣故宮博物院出版的《清宮諭旨檔臺灣史料》（共六冊）、《清宮廷寄檔臺灣史料》（共三冊），主、輔重複之件選擇前者，期能匯合兩大機構的清代文獻典藏，整理出較為完備的諭旨類臺灣關係史料。
檔案文件之編排按時間順序，由前而後依序排比。每件都盡量註記確切年月日，以便徵引查核。