高屏溪流域的水土資源發展與利用從民國40年以後,依除弊(治水)、興利(利水)與保育(河川環境管理)之管理目標,即開始有計畫地推動,整體流域之治理已獲致穩定、良好成效,防洪設施完成率在95%以上、高屏堰上游水質已改善至近甲類水體、區域內水資源供需平衡、集水區維持良好、環境生態系完整穩定等。惟在歷經民國98年8月8日莫拉克颱風侵襲重創後,流域內集水區地文、水文、生態環境、人文社經環境劇幅改變,故現階及未來高屏溪流域整體治理必須針對現況與未來願景做檢討評估,短期應配合莫拉克颱風災後重建特別條例以高屏溪水系流域復舊為主,及重新思考復舊後整治措施優先,長期仍應依據民國98年綱領計畫方向辦理各項工作