東港溪下游河段已於民國85與87年完成規劃，並於民國86年完成東港溪治理基本計畫第一次修訂(麟洛溪排水匯流點至河口)。至98年依治理基本計畫完成兩岸堤防之興建。除防洪工程興建外，並於民國94年完成東港溪河川情勢調查，建立生環、水質與環境景觀之基本資料。於民國98年完成「易淹水地區水患治理計畫」第1階段實施計畫-東港溪流域排水系統規劃。至此，東港溪流域之整體規劃將定案，並可逐步付諸實施，而下游段之治理已完成效率，當評估其防災、減災、生態復育、環境改善等成效。
本計畫主要執行工作項目如下。
1.基本資料蒐集。
(1)水工結構物及跨河構造物調查。
(2)洪水災害資料蒐集。
(3)水資源利用。
2.防洪設施功能與安全性評估。
(1)重大洪水事件水文分析。
(2)洪災損失估算。
(3)災害原因檢討。
(4)防洪設施興建後對河道穩定性之影響。
(5)防洪設施興建後洪災減免程度。
(6)安全性評估及後續改善計畫訂定。
3.河川型態及流路變化調查。
(1)流路變化調查。
(2)河床變動調查。
(3)河川沖淤潛勢分析。
(4)河川型態分類。
4.環境變遷調查分析。
(1)水質調查分析。（2處、每季1次，共8次）
（包含PH值、濁度、電導度、溶氧）
(2)生態調查分析。（2處、每季1次，共8次）
（包含浮游性藻類、附著性藻類、魚類、底棲生物、水棲昆蟲）
(3)河川底質組成調查分析。（2處、每季1次，共8次）
（包含大漂石、小漂石、圓石、卵石、礫石等）
5.環境營造規劃。
6.東港溪下游段治理成效整體評估。
(1)治理成效評估。
(2)管理措施建議。