民國89年間,澎湖縣民黃加進先生向澎湖縣政府提報發現馬公商港內有疑似沉船遺物,之後高雄港務局在港區的疏浚工程中又陸續發現一些陶瓷遺物,引起當地住民關切,在保存意識高張之下疏浚工程為之停工,本處為解決港務工程建設與文化資產保存競合的問題,隨即召開研商會議,依照決議委託中央研究院臧振華副所長展開港區水下調查,這是本處接辦文化資產保存法後第一個處理的水下文化資產案件,亦是國內首次依據文化資產保存法相關規範進行水下疑似遺址的緊急調查,建立水下考古標準程序與步驟及整合科學探測的最佳案例,本案同時也成為國內開展水下文化資產保存維護行動之開端,希望能藉此建立良好的典範。