轉型正義是指「一個國家由威權或極權政體轉型為民主政體後，對過去各種違反公義情事的追究與矯正。」台灣自1990 年代邁向民主化之後，過去中國國民黨政府迫害人權、逮捕槍決反對人士的政治案件開始受到重視。二二八事件和白色恐怖政治案的平反就是其重要指標。突破白色恐怖的禁忌才能使台灣民主化邁入坦途；正視往日國民黨政權迫害人權、違反正義的事實，才能撫慰受創的心靈，讓社會大眾共同體認這段悲痛的歷史，而珍惜現今的民主成果。有鑑於此，吳三連台灣史料基金會與台灣歷史學會聯合出版《戒嚴時期白色恐怖與轉型正義論文集》，除追究歷史真相與責任之外，更有結合民間力量再次推動轉型正義的深意。本論文集共分成兩部分：白色恐怖的歷史背景和政治案件研究。歷史背景在探討當年威權體制和特務統治的本質；案件則有澎湖山東煙台聯中師生案、學生工作委員會案、親共左翼政治案、鹿窟事件案、台獨政治案、原住民湯守仁等案、壓制民主運動與言論思想自由案、對海外留學生的監控以及政治受難者的經驗見證等。這些案件雖然無法呈現白色恐怖政治案件的全貌，但都是重大案件，包括台灣人、外省人、原住民、共產黨主義者、台灣獨立運動者、民主運動者和留學生等。牽涉範圍極廣，從其中可以瞭解不同族群、階層、職業、意識、主張者的遭遇，以及國民黨政府壓制異己的殘酷。這些案件的研究都是撰稿者利用最近出土的檔案，整理分析而成。我們以謹慎的態度探討案情的真偽，避免被判決書誘引而失去歷史的真實。我們更以同理心，設身處地體會政治受難者的心情，以免受難者因案情歸類不明、違背事實，而再度受到傷害。