內部稽核是內部控制監督要素的重要一環，透過內部稽核獨立而客觀的個別評估，可協助政府各機關提升施政計畫及其作業活動之效率及效果，進而達成公部門更良善治理之目標。
本處依據會計法及內部審核處理準則等規定，負責政府財務收支內部審核工作之督辦及稽核作業；至於績效評核、政風考核、政府採購稽核及事務管理工作檢核等稽核工作，則分由不同主管機關負責督導辦理。本處為持續精進所屬會計同仁之內部審核知能，適時修訂內部審核相關規定、編印（訂）內部審核作業要項、流程手冊、強化專業教育訓練與宣導等；此外，尚鼓勵會計同仁多涉獵內部稽核國內、外新知，並參與內部稽核協會舉辦經國際認證之專業證照考試，使會計同仁在國內法制環境下，能成為與國際內部稽核專業接軌的優質專業人員。