本場之任務乃在負責辦理高雄縣市、屏東縣、澎湖縣等本場場事業區內之有關農業試驗與研究事項，包括種子與種苗等原原種或原種之繁殖、農業之示範推廣、農業疫病蟲害試驗防治及災害調查、土壤及肥培管理、農業機械及其他有關農業之調查及改進等事項。主要業務單位有作物改良課、作物環境課及農業推廣課，另設旗南及澎湖二個分場，行政單位設人事、政風、會計及行政四個室。作物改良課下分為稻作、雜糧、果樹、花卉、加工及生物技術等六個研究室，作物環境課下分為植物保護、土壤肥料及農業機械等三個研究室。
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