1949年蔣中正在國共內戰之中戰敗，失去了中國大陸，轉而退守臺灣，這樣重大的挫敗使他無可避免地得飽受作為一個「失敗者」的譏評。有論者謂，此乃蔣氏敗退入「孤島」，而象徵了一個「朝代的終結」4，這樣看來，蔣的臺灣歲月實在是乏善可陳。5然而，究其實際，蔣在中國政壇崛起的時間約在1920年代，而他在臺灣的統治終於1975年，若以1950年相隔，前後兩段時期均超過二十餘年。換言之，居臺歲月佔據了蔣氏政治生涯的近一半時光，比重不可謂之輕，而其治理臺灣期間的諸多施政與作為，亦深深影響著當前臺灣的現況與發展，是一個相當值得受到關注與探討的研究領域。
在晚近史學界積極重新評價蔣中正的風潮中，美國籍的蔣傳作者陶涵（Jay Taylor）一方面並不否認蔣在臺的獨裁統治，甚至有時還以「無視道德」等字眼加以批判；然而，另一方面他也認為「在臺灣的二十五年間，蔣主持一個穩定、和平的微型中國，有機會建設國家」。6不論陶涵的論斷是否有溢美之嫌，就此學者自可論辯。特別是時至今日，臺灣社會在民主化、經濟成長、與教育普及等各方面，均有長足的進展，世人有目共睹。因此，當我們回顧這段發展歷程時，勢不可忽視蔣所領導之政府於遷臺初期（1949年至1952年間）所奠下的各項基礎。本計畫即以此關鍵之四年為主要的時代斷限，利用新史料深入探討或重新檢視此階段在歷史發展上的複雜面貌。
在政治作為方面，陳進金〈蔣中正遷臺初期的人事佈局—以省主席的遞嬗為中心〉一文指出，蔣中正1948年底因局勢交困被迫準備下野，在下野之前做了一些安排與部署，其中包括任命陳誠為臺灣省主席，而目的即在於希望能使臺灣成為最後的反共根據地。就結果而言，陳誠沒有達成支援國共內戰的目的；不過，在陳誠主持臺政一年間，進行的諸多改革和建設，已達成對抗桂系的目的，同時也成功使臺灣得以作為最後的反共根據地。此後，1949年8月5日美國發表《中美關係白皮書》，象徵中華民國政府的對美關係降落谷底。當時仍然在野的蔣，一手主導了臺灣省主席的人事更迭，由形象清新且親美的吳國楨接替臺省主席一職，此一人事佈局的目的在於取得「外援」。韓戰爆發後，蔣統治的臺灣已獲得美國的強力支持，暫時化解安危的疑慮。相較之下，對於國內「控制」反而成為當務之急。因此，1953年4月10日，蔣批准了吳國楨的辭呈。由此可見，關於臺灣省主席的任免，從陳誠的臨危授命、吳國楨的主持臺政，到吳國楨辭職獲准，皆為蔣考量國內外情勢演變所做出的決策，共歷經了「戰鬥」、「外援」、「控制」等三個階段，並已達到預期的目標。
僅透過高層政治人事的更迭，自不足以鞏固中華民國政府在臺灣統治的基石。近代以來，「教育」無疑是國家機器形塑國家共同體的重要工具。管美蓉與王文隆合撰的〈蔣中正與遷臺初期的教育改造（1949-1954）－以「課程標準」與「大學聯考」為例〉指出，中華民國政府遷臺以後，為達致「反共抗俄」國策的目標，有計劃地將教育納入國家動員的一環。相關措施為蔣中正依其抗戰與戡亂之相關經驗而來，大抵可用「一個方向，兩種方法，三個步驟」來說明。「一個方向」指的是將教育重新納入動員的環節中，並藉由教師講授、監控，排除其他可能侵擾學子觀念的異端思想。基於上述之方向所採行的「兩個方法」，則是教科書改革與大專聯考的實施。政府由擬定課程、頒布部訂教科書、到舉辦統一考試，將三者加以結合之後，政府對意識型態的形塑乃得以貫徹執行。「三個步驟」指的是：遷臺初期的臨時措施、修改法規使臨時措施合法化、延續臨時措施等三大步驟。探析蔣中正及其政府遷臺初期對教育的改造，確能深化對相關發展脈絡的理解，瞭解到教育政策在穩定社會、民心上的意義。
與前揭的「教育」議題相較，學術社群與蔣中正的互動關係，更是攸關政權統治的「道統」；學術發展則是國家進步的重要基礎。黃麗安的〈蔣中正抵臺初期的學術政策—以中研院為考察中心（1949-1957）〉一文指出，1949年政府遷臺初期，在「反共抗俄」國策下，隨著軍事戒嚴與戰時體制的延長，威權政體成形。政治統治依然站在絕對的支配地位，而「學術」則始終難以獨立，取得超然於政治之上的自主權與自由權。這對已轉型為專業學者的知識份子來說，如何處理學術與政治之互動，是一個複雜的抉擇。例如，胡適在1957年被蔣中正圈選為中研院繼任院長，對於接任與否，極為猶疑。但學界盛傳若胡適拒絕，中研院將可能落入國民黨人士之手。幾經波折後，胡適仍接任了院長一職，讓自由主義知識份子保留一塊陣地。不過，在當時「反共抗俄」國策之下，政府一切以軍事為重；且因財政窘困，無瑕顧及學術事業發展；更因多數人不存久居之想，而無力在學術研究事業上多所投資。中研院在無自有財源，又乏政治資源與經濟外援下，仍舊艱苦求生，篳路藍縷，奠定了穩固發展基礎，成為臺灣的現代學術研究事業基地與中心。作者強調，這些成就值得讚許。
蔣中正及其政權在穩固內部之餘，尚需面對一個嚴峻的外部危機。國民黨自1928年取得中國中央政權以來，始終宣言自身乃代表全中國的唯一合法政府。至1949年中國大陸政權易手之後，中華民國政府僅餘臺灣和若干島嶼，此一聲言無可避免地遭受挑戰。這當中，涉及戰後中日關係的〈中日和約〉談判，即攸關中華民國主權與國際地位的一個重要條約。劉維開〈蔣中正與中日和約〉一文指出，〈中日和約〉的談判從2月20日開議，至4月28日簽約，前後長達69天，中華民國談判人員的壓力尤其沉重。不過，最後仍能達成任務的關鍵在於蔣中正、以及蔣的代表張群所做的重要努力。對中華民國政府而言，〈中日和約〉的簽訂具有多方面的意義：第一，代表中華民國政府在無法參與〈舊金山和約〉簽署之後，獲得國家地位的重新認定；其次，〈中日和約〉生效後，中華民國與日本恢復正常關係，重新建立邦交，並維持了20年之久；第三，在〈中日和約〉簽訂過程中，美國對於中華民國的支持，使中華民國政府與美國的關係更加緊密。因此，身為前盟軍中國戰區最高統帥的蔣中正，對中華民國無法參加〈舊金山和約〉簽訂深感恥辱，也對日方態度多所不滿，但他在談判中仍極為務實地促成和約的簽訂。
除了中日關係之外，中華民國仍面對許多其他的外交上的挑戰。王正華〈蔣中正對中華民國遷臺初期的外交肆應（1949-1951）〉指出，美國是左右臺灣外交情勢最重要的國家。例如，韓戰爆發，一般的解釋都認為臺灣從此轉危為安，中華民國在美國的保護傘下安全無虞。實則並非如此，美國因臺海中立化政策而向聯合國提出臺灣地位問題備忘錄，遭致中共反控美國侵略，其後再有派員至聯合國辯論等後續處理，均影響到中華民國在聯合國的地位。先是為了防止中共出兵助戰，使聯合國內充滿姑息中共的氣氛。及至中共出兵成為事實，中華民國政府還要擔心是否會為求和平解決而被美國和英國犧牲代表權，可以說始終處在危疑震盪。蔣中正在此艱困關頭處理外交問題，尤其是對美外交方面，有忍辱、有堅持、也有妥協的一面，並非頑固地堅持已見，並能適時採納屬下建議。在反共產擴張的高潮下，蔣中正順水推舟，掌握有利的契機，因而並非如美國學界過去研究所強調的：蔣中正有超人的操控力，可以左右美國的政策等。究其實質，而是他懂得採取適當的態度因應危機，靜觀國際局勢的推演，並堅持到美國對臺政策的轉變，終至穩固臺灣的外交局面。
蔣中正深刻地瞭解到外交需以實力為後盾，因此如何加強自身組織力量，建立穩定統治，乃當務之急。在這方面，黨的改造是一個核心議題。1920年代以降，國民黨建立了名為「訓政」的黨國體制統治模式，唯黨機器在實務運作上問題重重。中日戰爭爆發以後，蔣中正已身為名實俱符的黨政軍最高領導人，他並非不清楚黨務弊端，只是難以進行有效的改革。及至臺灣時期，國民黨反省在大陸上的失敗，乃厲行了一連串組織再造的工作。任育德的〈蔣中正對國民黨的省思與改造（1949-1952）：以黨務及領導權威為例〉研究顯示，蔣於1949年痛定思痛後，乃體認到：絕不能放棄政黨領袖等於革命領袖的角色安排。同時，採用體制外、非制度性的手段，也成為蔣行事風格上的重要特色。復由於政府有效統治範圍的縮小，使得臺灣省黨部地位大為上升，黨領導人也對黨部主委、書記長等高級人士的任命高度重視。蔣不惜親自出面處理省黨部人事問題，藉以展示其領導權威。國民黨至少自1952年起，便已成為一個服從政黨領袖、並由領袖裁決大政方針的政黨。這位領袖，為了達到目的，即便越過體制行事也在所不惜。此一領導結構對目前之黨政運作，仍有一定之影響。
從此觀之，蔣中正遷臺初期已著手對國民黨大加改造，而這一改造工程又勢必摒除為數眾多的舊權力結構。林婉平〈蔣中正遷臺初期對國民黨派系問題的檢討與整頓─以CC系為中心〉指出，蔣在實行國民黨改造之前，已屢因立院派系問題而使其意志未能如期貫徹，乃於改造中一再強調消除「派系」的重要性。然而，即使在1950年代初期，蔣仍舊感受到派系問題尚未得到解決。面對此種情況，國民黨中央該如何解決中央民意機構中的派系問題，並對即將成立的立委黨部組織作出調整，是值得觀察之處。國民黨改造展開後，由於派系勢力的消長，中央民意機關內的「團派」成員幾乎歸順於黨中央；但對在黨中央失勢的CC系來說，中央民意機關為其僅存的政治舞臺，故其自然希望能透由民意代表身分，獲取最大程度的權力。因此，CC系立委對於黨中央的「民主集權制」自難接受，異議與抗議時而有之。對此，黨中央又以派系門戶之見視之，施以更為強硬的壓制。是以，CC系與黨中央雙方之衝突與交鋒便勢所難免，雙方衝突甚至在「改造運動」結束後仍持續上演。時至今日如何解決黨內派系紛爭，仍是國民黨需面對的一個重要挑戰。
以上論析了蔣中正遷臺初期針對政治與教育、外交、黨務等相關挑戰的應對之道。不過，1949年導致國民黨失敗原因雖多，但軍事上的挫敗卻是最直接、也是最明顯的。及至落腳臺灣，中華民國的軍民仍舊得應付中共大軍壓境進犯的威脅。李君山〈蔣中正與遷臺初期之防空規劃（1949-1952）〉指出，1949至1952年的臺灣島內防空，為一倉促而草創的階段。由此可以反映當時大環境上的幾個面向：第一，由於倉促成事的緣故，因而有許多設施與規劃皆承繼日據時代所遺留的規制。然而臺民多半歷經二次大戰時的經驗和教育，似有視當局舉措為「張皇過甚」之感。第二，一切草創，步步維艱。當時臺灣經濟尚未穩定，水泥、紅磚等建材物料難求；而政府財政困難萬狀，基層設施更感窘迫。但防空事務，是屬某種相對「昂貴」的動員模式。於是「非錢莫辦」的窘迫始終困擾著政府。不管避難設備、消防救護，抑或城市疏散，供給一直沒能趕上需求。第三，土法煉鋼，士氣不高。防空做為總體戰的一環，即希望將人民帶入「戰爭」，培養愛國心與認同感，進而讓軍民一體。無奈這時期的防空工作，往往流於只是「統治者」的意志，很難被視為「國家」的意志、或者揣測民眾的意向。第四，鞏固統治與防範外敵，常常等量齊觀，尤其表現在民防業務的規劃上。防空防護固為大宗；但肅奸防諜，與同期籌辦的「家戶民防制」，都係以偵伺反側為重心。與之相關的研究課題，仍有許多可資探討之處。
毫無疑問地，海峽兩岸箭弩拔張的緊張局勢，脫不了二次世界大戰後冷戰格局的發展。但相關的軍事合作，卻不見得總是得通過正式的外交渠道。林孝庭的〈私人化的國家政策：蔣中正、查理柯克、與1949-1951年間的臺美軍事與安全關係〉便指出，1950年至1951年間，柯克和與他關係密切的「特種技術合作案」、以及「中國國際商業公司」之間的故事，是中美關係史上一段異於尋常的個案。當時，某種意義上已被華府所拋棄的蔣中正，在韓戰前後曾將希望寄於這位已退役的美國海軍上將。柯克透過紐約中國國際商業公司，在危急之際，協助臺灣自美採購軍火；在韓戰爆發前後，也曾是臺北蔣中正與東京盟總麥克阿瑟之間最重要的溝通橋樑。柯克在一定程度上，參與、影響甚至主導了遷臺初期國民政府的軍事、外交與安全政策。其次，柯克的經歷，顯示出美國政府高層對遷臺初期的蔣中正政府，在政策制定上存在嚴重矛盾、衝突與不協調。雖然國務院秉持「塵埃落定」的原則，靜待國共內戰結束，對蔣中正及其政府採袖手旁觀的態度。但是東京盟總、國防與情報部門，以戰略利益角度為出發點，卻極不願讓臺灣落入共產黨手中。柯克即是此一矛盾下的特殊產物。因此，1949年至1951年這段關鍵時期的中美關係史，似可從傳統的杜魯門政府或是國務院視野下的傳統分析架構中跳出，轉而以「非正式」的角度、「非官方」美籍人士在遠東地區所從事一系列秘密活動此一觀點，來重新審視與評價。類似歷史經驗，亦可見於同時期具有「非官方」性質的日本軍事顧問團「白團」。
當然，倘內部武備不修，任何形式的外援均不足救亡圖存。楊維真的〈蔣中正與來臺初期的軍事整備（1949-1952）〉指出，1949年國共內戰的敗北，大陸政權的淪亡，可謂蔣中正一生中最慘痛的失敗，蔣甚至以「亡國」來形容他的悲憤。來臺後，蔣面對臺灣局勢風雨飄搖、軍心士氣渙散，以及中共亟欲「解放」臺灣的意圖，不得不有所作為。一方面在軍中進行世代交替，重用孫立人等新生代將領以取代何應欽、顧祝同等老將，並以長子蔣經國主導軍隊政工體系的重建；另一方面則積極籌備戰守事宜，延攬日籍軍事顧問協助建軍備戰，加緊臺灣及外島的防務配置，並大力尋求美援的到來。及至1950年6月韓戰爆發後，美國宣佈實施「臺海中立化」政策，第七艦隊開始巡弋臺灣海峽，正式介入兩岸局勢，並恢復對臺軍援。而臺灣各項軍事整備在美國的協助下，更能順利施行。不過，有關臺灣防務的歷史，研究條件仍未臻成熟。原因在於臺灣防務相關資料由於事涉國家安全，軍方對檔案開放態度保守，除須審查閱檔者相關資料外，並對複印資料採取嚴格限制。目前此部分多依靠其他相關檔案（如國史館《蔣中正總統文物檔案》、陳誠之《石叟檔案》）予以補強。未來在更有利的研究條件下，相信學者仍可得致新見解。
綜上所述，在蔣中正遷臺初期，「軍事反攻」是重要的政策前提。國軍的積極整頓、秣馬厲兵，固然是應付眼前中共大舉進犯的威脅，而蔣亦未放棄將來尋機重入中國大陸的可能性。即使是教育方面的國策，蔣也抱持著「收復匪區時期，第一要緊的設施，就是教育」之態度。而面對外交上的困境，以及國際間對「臺灣地位」的質疑時，心中更不免盼望有朝一日藉「反攻大陸」來「洗刷恥辱」。然而，蔣並未在軍事上採取盲動冒進，反而是在冷戰氛圍中力持審慎，確保了海峽分治的格局。前揭情況，允為此階段臺灣歷史的特色。
不容忽視的是，枕戈待旦的國軍部隊，不久前多還是戰場上的新敗之師，抑且兵無戰志。蔣中正於臺灣的復職再起，固不能瞬即收拾風雨飄搖的局勢，卻無疑使國家領導有人，對於政府運作和民心士氣的激勵，均有積極作用，使臺灣趨於穩定。對蔣個人，是其政治生涯中另一段新的事業；對國家，則是1949年以後的中華民國歷史於焉展開。7特別是，蔣趁軍隊與政府部門撤臺之機，展現手腕，陸續完成軍隊整編、維繫政權法統、終結國民黨內舊權力派系等工作。有論者謂，除了反攻大陸一項外，蔣已完成大部分的政治戰略目標。8
無可諱言地，在許多人眼中，蔣中正自此也逐漸樹立強人領導，甚至逾越正規體制的統治模式。本研究部分內容似乎指出，蔣於下野期間，以國民黨總裁身份，奔走軍國大事，是為一例；又如1949-1951年間與柯克進行的軍事合作，「私人化」的處理方式斑然可見；再如推行國民黨「改造運動」，益加強化了總裁一職的領導威權。也許，當此中華民國存亡之秋，蔣以強人之姿出掌大局，在一部份人眼中或許是無可厚非。例如在1952年〈中日和約〉的談判過程中，外交當局確感十分棘手，倘非蔣氏克服兩國歧見拍版定案，事恐延宕不決。這顯示，無論後人對蔣氏的評價為何，勢必得以更寬廣的角度加以考察。
唯正如美國學者William C. Kirby所言，近代中國的黨國體制對「國防」、「經濟和技術」的發展均卓有貢獻，然而中國政治對領導人的重視，也顯示黨國的弱點：它仍亟需一個經得起考驗，又能自我複製的政府體系。9蔣中正在臺灣所確立的政權結構，其後如何面對新時代的挑戰，學者未來當可探究。特別是蔣中正遷臺初期，恰也是蔣經國嶄露頭角之際。蔣氏父子統治臺灣四十載，呈現什麼樣的歷史連續性與斷裂性？此一議題更屬耐人尋味。總之，本研究報告針對了「政務」、「外交」、「黨務」、「軍事」等主題，分別論析蔣及其政府遷臺初期的諸項舉措。受限於各種主客觀條件，仍無法涵蓋所有的重要議題。但相較於大陸時期來說，關於佔據蔣政治生涯近半的臺灣歲月，史學界的關注與討論才剛處於起步階段。在可見的未來，相關議題的開拓與深化，值得期待。
在晚近史學界積極重新評價蔣中正的風潮中，美國籍的蔣傳作者陶涵（Jay Taylor）一方面並不否認蔣在臺的獨裁統治，甚至有時還以「無視道德」等字眼加以批判；然而，另一方面他也認為「在臺灣的二十五年間，蔣主持一個穩定、和平的微型中國，有機會建設國家」。6不論陶涵的論斷是否有溢美之嫌，就此學者自可論辯。特別是時至今日，臺灣社會在民主化、經濟成長、與教育普及等各方面，均有長足的進展，世人有目共睹。因此，當我們回顧這段發展歷程時，勢不可忽視蔣所領導之政府於遷臺初期（1949年至1952年間）所奠下的各項基礎。本計畫即以此關鍵之四年為主要的時代斷限，利用新史料深入探討或重新檢視此階段在歷史發展上的複雜面貌。
在政治作為方面，陳進金〈蔣中正遷臺初期的人事佈局—以省主席的遞嬗為中心〉一文指出，蔣中正1948年底因局勢交困被迫準備下野，在下野之前做了一些安排與部署，其中包括任命陳誠為臺灣省主席，而目的即在於希望能使臺灣成為最後的反共根據地。就結果而言，陳誠沒有達成支援國共內戰的目的；不過，在陳誠主持臺政一年間，進行的諸多改革和建設，已達成對抗桂系的目的，同時也成功使臺灣得以作為最後的反共根據地。此後，1949年8月5日美國發表《中美關係白皮書》，象徵中華民國政府的對美關係降落谷底。當時仍然在野的蔣，一手主導了臺灣省主席的人事更迭，由形象清新且親美的吳國楨接替臺省主席一職，此一人事佈局的目的在於取得「外援」。韓戰爆發後，蔣統治的臺灣已獲得美國的強力支持，暫時化解安危的疑慮。相較之下，對於國內「控制」反而成為當務之急。因此，1953年4月10日，蔣批准了吳國楨的辭呈。由此可見，關於臺灣省主席的任免，從陳誠的臨危授命、吳國楨的主持臺政，到吳國楨辭職獲准，皆為蔣考量國內外情勢演變所做出的決策，共歷經了「戰鬥」、「外援」、「控制」等三個階段，並已達到預期的目標。
僅透過高層政治人事的更迭，自不足以鞏固中華民國政府在臺灣統治的基石。近代以來，「教育」無疑是國家機器形塑國家共同體的重要工具。管美蓉與王文隆合撰的〈蔣中正與遷臺初期的教育改造（1949-1954）－以「課程標準」與「大學聯考」為例〉指出，中華民國政府遷臺以後，為達致「反共抗俄」國策的目標，有計劃地將教育納入國家動員的一環。相關措施為蔣中正依其抗戰與戡亂之相關經驗而來，大抵可用「一個方向，兩種方法，三個步驟」來說明。「一個方向」指的是將教育重新納入動員的環節中，並藉由教師講授、監控，排除其他可能侵擾學子觀念的異端思想。基於上述之方向所採行的「兩個方法」，則是教科書改革與大專聯考的實施。政府由擬定課程、頒布部訂教科書、到舉辦統一考試，將三者加以結合之後，政府對意識型態的形塑乃得以貫徹執行。「三個步驟」指的是：遷臺初期的臨時措施、修改法規使臨時措施合法化、延續臨時措施等三大步驟。探析蔣中正及其政府遷臺初期對教育的改造，確能深化對相關發展脈絡的理解，瞭解到教育政策在穩定社會、民心上的意義。
與前揭的「教育」議題相較，學術社群與蔣中正的互動關係，更是攸關政權統治的「道統」；學術發展則是國家進步的重要基礎。黃麗安的〈蔣中正抵臺初期的學術政策—以中研院為考察中心（1949-1957）〉一文指出，1949年政府遷臺初期，在「反共抗俄」國策下，隨著軍事戒嚴與戰時體制的延長，威權政體成形。政治統治依然站在絕對的支配地位，而「學術」則始終難以獨立，取得超然於政治之上的自主權與自由權。這對已轉型為專業學者的知識份子來說，如何處理學術與政治之互動，是一個複雜的抉擇。例如，胡適在1957年被蔣中正圈選為中研院繼任院長，對於接任與否，極為猶疑。但學界盛傳若胡適拒絕，中研院將可能落入國民黨人士之手。幾經波折後，胡適仍接任了院長一職，讓自由主義知識份子保留一塊陣地。不過，在當時「反共抗俄」國策之下，政府一切以軍事為重；且因財政窘困，無瑕顧及學術事業發展；更因多數人不存久居之想，而無力在學術研究事業上多所投資。中研院在無自有財源，又乏政治資源與經濟外援下，仍舊艱苦求生，篳路藍縷，奠定了穩固發展基礎，成為臺灣的現代學術研究事業基地與中心。作者強調，這些成就值得讚許。
蔣中正及其政權在穩固內部之餘，尚需面對一個嚴峻的外部危機。國民黨自1928年取得中國中央政權以來，始終宣言自身乃代表全中國的唯一合法政府。至1949年中國大陸政權易手之後，中華民國政府僅餘臺灣和若干島嶼，此一聲言無可避免地遭受挑戰。這當中，涉及戰後中日關係的〈中日和約〉談判，即攸關中華民國主權與國際地位的一個重要條約。劉維開〈蔣中正與中日和約〉一文指出，〈中日和約〉的談判從2月20日開議，至4月28日簽約，前後長達69天，中華民國談判人員的壓力尤其沉重。不過，最後仍能達成任務的關鍵在於蔣中正、以及蔣的代表張群所做的重要努力。對中華民國政府而言，〈中日和約〉的簽訂具有多方面的意義：第一，代表中華民國政府在無法參與〈舊金山和約〉簽署之後，獲得國家地位的重新認定；其次，〈中日和約〉生效後，中華民國與日本恢復正常關係，重新建立邦交，並維持了20年之久；第三，在〈中日和約〉簽訂過程中，美國對於中華民國的支持，使中華民國政府與美國的關係更加緊密。因此，身為前盟軍中國戰區最高統帥的蔣中正，對中華民國無法參加〈舊金山和約〉簽訂深感恥辱，也對日方態度多所不滿，但他在談判中仍極為務實地促成和約的簽訂。
除了中日關係之外，中華民國仍面對許多其他的外交上的挑戰。王正華〈蔣中正對中華民國遷臺初期的外交肆應（1949-1951）〉指出，美國是左右臺灣外交情勢最重要的國家。例如，韓戰爆發，一般的解釋都認為臺灣從此轉危為安，中華民國在美國的保護傘下安全無虞。實則並非如此，美國因臺海中立化政策而向聯合國提出臺灣地位問題備忘錄，遭致中共反控美國侵略，其後再有派員至聯合國辯論等後續處理，均影響到中華民國在聯合國的地位。先是為了防止中共出兵助戰，使聯合國內充滿姑息中共的氣氛。及至中共出兵成為事實，中華民國政府還要擔心是否會為求和平解決而被美國和英國犧牲代表權，可以說始終處在危疑震盪。蔣中正在此艱困關頭處理外交問題，尤其是對美外交方面，有忍辱、有堅持、也有妥協的一面，並非頑固地堅持已見，並能適時採納屬下建議。在反共產擴張的高潮下，蔣中正順水推舟，掌握有利的契機，因而並非如美國學界過去研究所強調的：蔣中正有超人的操控力，可以左右美國的政策等。究其實質，而是他懂得採取適當的態度因應危機，靜觀國際局勢的推演，並堅持到美國對臺政策的轉變，終至穩固臺灣的外交局面。
蔣中正深刻地瞭解到外交需以實力為後盾，因此如何加強自身組織力量，建立穩定統治，乃當務之急。在這方面，黨的改造是一個核心議題。1920年代以降，國民黨建立了名為「訓政」的黨國體制統治模式，唯黨機器在實務運作上問題重重。中日戰爭爆發以後，蔣中正已身為名實俱符的黨政軍最高領導人，他並非不清楚黨務弊端，只是難以進行有效的改革。及至臺灣時期，國民黨反省在大陸上的失敗，乃厲行了一連串組織再造的工作。任育德的〈蔣中正對國民黨的省思與改造（1949-1952）：以黨務及領導權威為例〉研究顯示，蔣於1949年痛定思痛後，乃體認到：絕不能放棄政黨領袖等於革命領袖的角色安排。同時，採用體制外、非制度性的手段，也成為蔣行事風格上的重要特色。復由於政府有效統治範圍的縮小，使得臺灣省黨部地位大為上升，黨領導人也對黨部主委、書記長等高級人士的任命高度重視。蔣不惜親自出面處理省黨部人事問題，藉以展示其領導權威。國民黨至少自1952年起，便已成為一個服從政黨領袖、並由領袖裁決大政方針的政黨。這位領袖，為了達到目的，即便越過體制行事也在所不惜。此一領導結構對目前之黨政運作，仍有一定之影響。
從此觀之，蔣中正遷臺初期已著手對國民黨大加改造，而這一改造工程又勢必摒除為數眾多的舊權力結構。林婉平〈蔣中正遷臺初期對國民黨派系問題的檢討與整頓─以CC系為中心〉指出，蔣在實行國民黨改造之前，已屢因立院派系問題而使其意志未能如期貫徹，乃於改造中一再強調消除「派系」的重要性。然而，即使在1950年代初期，蔣仍舊感受到派系問題尚未得到解決。面對此種情況，國民黨中央該如何解決中央民意機構中的派系問題，並對即將成立的立委黨部組織作出調整，是值得觀察之處。國民黨改造展開後，由於派系勢力的消長，中央民意機關內的「團派」成員幾乎歸順於黨中央；但對在黨中央失勢的CC系來說，中央民意機關為其僅存的政治舞臺，故其自然希望能透由民意代表身分，獲取最大程度的權力。因此，CC系立委對於黨中央的「民主集權制」自難接受，異議與抗議時而有之。對此，黨中央又以派系門戶之見視之，施以更為強硬的壓制。是以，CC系與黨中央雙方之衝突與交鋒便勢所難免，雙方衝突甚至在「改造運動」結束後仍持續上演。時至今日如何解決黨內派系紛爭，仍是國民黨需面對的一個重要挑戰。
以上論析了蔣中正遷臺初期針對政治與教育、外交、黨務等相關挑戰的應對之道。不過，1949年導致國民黨失敗原因雖多，但軍事上的挫敗卻是最直接、也是最明顯的。及至落腳臺灣，中華民國的軍民仍舊得應付中共大軍壓境進犯的威脅。李君山〈蔣中正與遷臺初期之防空規劃（1949-1952）〉指出，1949至1952年的臺灣島內防空，為一倉促而草創的階段。由此可以反映當時大環境上的幾個面向：第一，由於倉促成事的緣故，因而有許多設施與規劃皆承繼日據時代所遺留的規制。然而臺民多半歷經二次大戰時的經驗和教育，似有視當局舉措為「張皇過甚」之感。第二，一切草創，步步維艱。當時臺灣經濟尚未穩定，水泥、紅磚等建材物料難求；而政府財政困難萬狀，基層設施更感窘迫。但防空事務，是屬某種相對「昂貴」的動員模式。於是「非錢莫辦」的窘迫始終困擾著政府。不管避難設備、消防救護，抑或城市疏散，供給一直沒能趕上需求。第三，土法煉鋼，士氣不高。防空做為總體戰的一環，即希望將人民帶入「戰爭」，培養愛國心與認同感，進而讓軍民一體。無奈這時期的防空工作，往往流於只是「統治者」的意志，很難被視為「國家」的意志、或者揣測民眾的意向。第四，鞏固統治與防範外敵，常常等量齊觀，尤其表現在民防業務的規劃上。防空防護固為大宗；但肅奸防諜，與同期籌辦的「家戶民防制」，都係以偵伺反側為重心。與之相關的研究課題，仍有許多可資探討之處。
毫無疑問地，海峽兩岸箭弩拔張的緊張局勢，脫不了二次世界大戰後冷戰格局的發展。但相關的軍事合作，卻不見得總是得通過正式的外交渠道。林孝庭的〈私人化的國家政策：蔣中正、查理柯克、與1949-1951年間的臺美軍事與安全關係〉便指出，1950年至1951年間，柯克和與他關係密切的「特種技術合作案」、以及「中國國際商業公司」之間的故事，是中美關係史上一段異於尋常的個案。當時，某種意義上已被華府所拋棄的蔣中正，在韓戰前後曾將希望寄於這位已退役的美國海軍上將。柯克透過紐約中國國際商業公司，在危急之際，協助臺灣自美採購軍火；在韓戰爆發前後，也曾是臺北蔣中正與東京盟總麥克阿瑟之間最重要的溝通橋樑。柯克在一定程度上，參與、影響甚至主導了遷臺初期國民政府的軍事、外交與安全政策。其次，柯克的經歷，顯示出美國政府高層對遷臺初期的蔣中正政府，在政策制定上存在嚴重矛盾、衝突與不協調。雖然國務院秉持「塵埃落定」的原則，靜待國共內戰結束，對蔣中正及其政府採袖手旁觀的態度。但是東京盟總、國防與情報部門，以戰略利益角度為出發點，卻極不願讓臺灣落入共產黨手中。柯克即是此一矛盾下的特殊產物。因此，1949年至1951年這段關鍵時期的中美關係史，似可從傳統的杜魯門政府或是國務院視野下的傳統分析架構中跳出，轉而以「非正式」的角度、「非官方」美籍人士在遠東地區所從事一系列秘密活動此一觀點，來重新審視與評價。類似歷史經驗，亦可見於同時期具有「非官方」性質的日本軍事顧問團「白團」。
當然，倘內部武備不修，任何形式的外援均不足救亡圖存。楊維真的〈蔣中正與來臺初期的軍事整備（1949-1952）〉指出，1949年國共內戰的敗北，大陸政權的淪亡，可謂蔣中正一生中最慘痛的失敗，蔣甚至以「亡國」來形容他的悲憤。來臺後，蔣面對臺灣局勢風雨飄搖、軍心士氣渙散，以及中共亟欲「解放」臺灣的意圖，不得不有所作為。一方面在軍中進行世代交替，重用孫立人等新生代將領以取代何應欽、顧祝同等老將，並以長子蔣經國主導軍隊政工體系的重建；另一方面則積極籌備戰守事宜，延攬日籍軍事顧問協助建軍備戰，加緊臺灣及外島的防務配置，並大力尋求美援的到來。及至1950年6月韓戰爆發後，美國宣佈實施「臺海中立化」政策，第七艦隊開始巡弋臺灣海峽，正式介入兩岸局勢，並恢復對臺軍援。而臺灣各項軍事整備在美國的協助下，更能順利施行。不過，有關臺灣防務的歷史，研究條件仍未臻成熟。原因在於臺灣防務相關資料由於事涉國家安全，軍方對檔案開放態度保守，除須審查閱檔者相關資料外，並對複印資料採取嚴格限制。目前此部分多依靠其他相關檔案（如國史館《蔣中正總統文物檔案》、陳誠之《石叟檔案》）予以補強。未來在更有利的研究條件下，相信學者仍可得致新見解。
綜上所述，在蔣中正遷臺初期，「軍事反攻」是重要的政策前提。國軍的積極整頓、秣馬厲兵，固然是應付眼前中共大舉進犯的威脅，而蔣亦未放棄將來尋機重入中國大陸的可能性。即使是教育方面的國策，蔣也抱持著「收復匪區時期，第一要緊的設施，就是教育」之態度。而面對外交上的困境，以及國際間對「臺灣地位」的質疑時，心中更不免盼望有朝一日藉「反攻大陸」來「洗刷恥辱」。然而，蔣並未在軍事上採取盲動冒進，反而是在冷戰氛圍中力持審慎，確保了海峽分治的格局。前揭情況，允為此階段臺灣歷史的特色。
不容忽視的是，枕戈待旦的國軍部隊，不久前多還是戰場上的新敗之師，抑且兵無戰志。蔣中正於臺灣的復職再起，固不能瞬即收拾風雨飄搖的局勢，卻無疑使國家領導有人，對於政府運作和民心士氣的激勵，均有積極作用，使臺灣趨於穩定。對蔣個人，是其政治生涯中另一段新的事業；對國家，則是1949年以後的中華民國歷史於焉展開。7特別是，蔣趁軍隊與政府部門撤臺之機，展現手腕，陸續完成軍隊整編、維繫政權法統、終結國民黨內舊權力派系等工作。有論者謂，除了反攻大陸一項外，蔣已完成大部分的政治戰略目標。8
無可諱言地，在許多人眼中，蔣中正自此也逐漸樹立強人領導，甚至逾越正規體制的統治模式。本研究部分內容似乎指出，蔣於下野期間，以國民黨總裁身份，奔走軍國大事，是為一例；又如1949-1951年間與柯克進行的軍事合作，「私人化」的處理方式斑然可見；再如推行國民黨「改造運動」，益加強化了總裁一職的領導威權。也許，當此中華民國存亡之秋，蔣以強人之姿出掌大局，在一部份人眼中或許是無可厚非。例如在1952年〈中日和約〉的談判過程中，外交當局確感十分棘手，倘非蔣氏克服兩國歧見拍版定案，事恐延宕不決。這顯示，無論後人對蔣氏的評價為何，勢必得以更寬廣的角度加以考察。
唯正如美國學者William C. Kirby所言，近代中國的黨國體制對「國防」、「經濟和技術」的發展均卓有貢獻，然而中國政治對領導人的重視，也顯示黨國的弱點：它仍亟需一個經得起考驗，又能自我複製的政府體系。9蔣中正在臺灣所確立的政權結構，其後如何面對新時代的挑戰，學者未來當可探究。特別是蔣中正遷臺初期，恰也是蔣經國嶄露頭角之際。蔣氏父子統治臺灣四十載，呈現什麼樣的歷史連續性與斷裂性？此一議題更屬耐人尋味。總之，本研究報告針對了「政務」、「外交」、「黨務」、「軍事」等主題，分別論析蔣及其政府遷臺初期的諸項舉措。受限於各種主客觀條件，仍無法涵蓋所有的重要議題。但相較於大陸時期來說，關於佔據蔣政治生涯近半的臺灣歲月，史學界的關注與討論才剛處於起步階段。在可見的未來，相關議題的開拓與深化，值得期待。