文殊師利菩薩不二法門有眾多經典，現在先選出兩本詮釋其密意。所選兩經為《文殊師利說般若會》及《文殊師利說不思議佛境界經》。選這兩本經的原故，是由於兩經所說彼此可以融匯。

《文殊師利說般若會》，是由不二法門來說空性，說法與「緣生性空」亦無相違。於不二法門中，由緣生而成為有的只是現象，這些現象不能執為實法，因此一切諸法本體為空。與空相對，則是執現象為實法的有。如何超越有法，即是於不二中離一切相對，因為凡執現象為實法必依相對，倘若超越相對，即成不二，是即於不二中超越有法。當超越有法時，倘若要追究一切諸法的自性，不二法門便說之為「本性自性」，亦即一切諸法以其本性為自性。識境中的因果，亦必須說其自性為本性，當知本性即是不可思議佛境界時，自然由不二而超越因果，亦必須超越因果才能現證深般若波羅蜜多。

這樣，便引導到《文殊師利說不思議佛境界經》。這本經先說佛境界，然後說入佛境界的觀修。是故本經說佛境界之餘，亦有很大的篇幅，說由觀修悟入佛境界之所行，這便是本經的第二部份。在這部份，又再分為兩份。先說不放逸行，行者必須以不放逸行為前行，然後才可以入經中所說的菩薩道。

文殊師利於說此兩份菩薩行時，許多處並未依不二而說，如說「頭陀功德」，即依識境而說，此即因並非全為已登地的菩薩說法，實亦同時為欲入菩薩道的初機而說，是故即不能唯依不二而行。

如上所說，便知道我們為甚麼將此兩經合成一冊，說其密意。望讀者能依此脈絡來理解文殊所說的密意。