南部地區近年來工商業發展迅速,對於用水量需求日以遽增,為平衡水資源工程開發及減緩自然生態衝擊,於此水利署規畫「旗山溪生態、棲地變遷調查及分析」計畫,蒐集旗山溪基本資料、生物、河川調查及河川空間利用分佈等,並建立生態資源資料庫,以因應爾後旗山溪未來開發案之重要參考依據與管理建議。