底泥問題日益受到重視，美國、加拿大及澳洲已有部分底泥品質相關管理及復育規範施行，國內於99年2月即將底泥納入「土壤及地下水污染管制法」部分條例，本計畫延續99年度東港溪底泥復育相關研究持續針對流域底泥進行復育探究，冀望就由研究結果得到底泥復育以及研析底泥二次利用最適方式。 本案擇定港西攔河堰、新園排水及麟洛排水等處進行豐枯水季底泥復育研究，於底泥復育之前、中及後期進行底泥特性、重金屬以及氮類監測，同時為了解底泥移除對於水質之影響，於枯水季底泥移除前後進行水質檢測。 監測結果顯示，底泥移除短時間內對於枯水季水質並無明顯影響，各區域底泥酸鹼值多屬中-鹼性，含水率以及總有機碳監測值皆以新園排水最高，在底泥復育過程中削減量亦最明顯，該區底泥總有機碳於枯水期達87％，而各區域底泥SOD於前後期濃度變化亦多呈現下降趨勢，顯示底泥中污染程度減少，再加以氮類數值之變化，底泥復育初期受有機物分解影響總氮及凱氏氮濃度會先呈現上升而後下降趨勢，豐枯水季復育成效中以枯水季復育成效較為明顯，枯水季以麟洛排水總氮濃度漸少最多約278mg/kg，其次為新園排水減少19 mg/kg，硝酸態氮濃度增加最多亦為麟洛排水約21.5mg/kg，其次為港西攔河堰底泥約增加2.2 mg/kg。另底泥TPH檢測結果中於豐水期新園排水底泥監測值呈現濃度值過高(5250 mg/kg)，初步推判可能為沿流丟棄廢棄物造成局部監測值偏高，排除為目標污染物。