臺北水源特定區乃是大台北地區相當重要的自來水水源，過去二十年來為因應水源保護政策，避免特定區之水源、水質、水量受到自然及人為破壞而日趨惡劣，對於區域內各項開發行為及土地利用皆訂有嚴格之規範，以維護區域環境及生態。未來如何在地方發展及水源保護政策間取得平衡，以達多元發展與雙贏境界，建立環境生態調查監測系統實有其必要性。本計畫延續94年、95年、96年度環境生態管理與整合性利用相關計畫之研究及97年、100年度臺北水源特定區生態調查監測結果，針對臺北水源特定區之水域、陸域生態與河川環境因子進行調查，其中水域生態調查之項目包括魚類、水棲昆蟲及藻類；陸域生態調查之項目包括鳥類、兩生類、爬蟲類及陸上昆蟲(以蝴蝶及蜻蛉目為主)；而河川環境因子調查包括河寬、水深、流速、河床底質組成及水質檢測，本年度共計4次調查。據前述調查成果進一步完成生物多樣性分析與河川水質指標魚類生物整合指標、水棲昆蟲科級生物指標藻類腐水度指數( SI)及矽藻屬指數(GI)計算分析，並利用96年度參考朱達仁（2006）之溪流複合式指標評估模式所完成之環境生態整合性指標，整合WQI、IBI、FBI、GI及SI等各項水質及生物指標，計算環境生態整合性指標。本(101)年度水質WQI指標平均值以碧湖樣站(90.3)最好，坪林樣站(85.0)最低，除坪林樣站，其他樣站皆屬於第一級優良等級。與去年資料相比較，北勢溪闊瀨、碧湖、虎寮潭及桶後溪烏來樣站水質仍然維持「優良」等級，南勢溪福山及粗坑壩樣站水質狀況已有明顯改善。南、北勢溪各樣點IBI指標平均值介於29.7～37.7間，除福山樣站外，其他樣站皆屬於第一級「無污染」等級，北勢溪各樣站與往年比較變化較小，仍屬第一級「無污染等級」。南勢溪烏來、粗坑壩樣站與上年度資料比較已有升高之趨勢，顯示魚類生態環境已有恢復，南勢溪上游福山樣站，去年度因河川濁度變高影響魚類生態環境，今年濁度已明顯減低，台灣鏟頜魚數量也已漸漸恢復往年之比例，但IBI指標值與去年差異不大。水生昆蟲FBI指標平均值介於2.55～3.73間，以福山樣站(2.55)最好，其他7個樣站同樣屬於七級水質評價第1級「優良」等級。與去年資料比較，各樣站FBI指標值皆比往年低，顯示河川環境有變好之趨勢。南勢溪與北勢溪兩流域之腐水度值相似，水質環境屬於β-中腐水級層級。由94年至101年的長期資料觀看，各樣站僅些微變化且各季節之數據變化趨勢穩定，即在不同的時間尺度上呈現出穩定的河流生物群落結構，反映其環境生態系統有相當的穩定性。南勢溪GI平均值介於2.6~12.0，即微污染~輕度污染水質之間;北勢溪GI平均值介於17.9~48.7，即極微污染~微污染水質之間。整體而言，北勢溪高於南勢溪。本年環境生態整合性指標監測結果，南、北勢溪各樣點EEI平均值介於4.51～4.79間，皆屬於第一級「優良」等級，顯示臺北水源特定區整體水域生態環境佳。.