二次大戰中,落在世界各地的炸彈,開啟了地獄之門,從此世界改變了──魑魅魍魎從深淵竄出,更出現了似人而非人的生物「怪人」!在日本帝國滅亡後,剩餘的日本人占領了東俄羅斯成立新日本帝國。新日本帝國的軍事學園都市‧西龍位市的高中生‧本鄉榮二誤踏秘密實驗的地點,從而拯救了一名被當成實驗品的付喪神少女。此後他召集同伴,成立秘密結社,決定要統一秘密結社林立的西龍位市……