克族與闇黑族征戰多年，這場戰爭，終於在萌騎士全面淨化五顆闇黑靈石（海地司、黑磁石、塔塔魯石、輪迴血石、冥月頑石）後，畫下句點。為了維持這得來不易的世界和平，羅博高校長和萌騎士肩負起宇宙巡守任務，藉此守護各個星球，不讓惡勢力有機會東山再起。在全新的第六季裡，萌學園又出現了新的危機。和平的盛世中，有人竟試圖要讓闇黑大帝復活，而這個計畫將宇宙和平推向危險邊際的人，居然是來自夸克族的叛徒？叛徒的完美臥底計畫，成功地蒙騙過萌學園眾人，闇黑大帝難道會真的就此成功復活？萌騎士們又將接受什麼樣的全新挑戰呢？
