據調查，全球一半以上人口均有利用傳統醫療的習慣，因而不論是世界衛生組織、美國食品藥物管理局或歐盟，均陸續發布對傳統醫藥管理的相關法案及措施。世界衛生組織更於2013年提出《世衛組織2014-2023年傳統醫學戰略》，擬定未來十年傳統醫學和補 充醫學的方向。其主要目標促進傳統和補充醫學能安全和有效地被使用。依據WHO統計資料顯示，具傳統醫學管理政策國家共69國，有監管草藥國家已有119國，另在產業部分，2012年全球中藥產值估計達831億美元，較前年度增長20%，足見其需求及各國對此領域的重視及全力以赴，臺灣亦不例外。 本部於2013年7月23日成立，將原衛生署中醫藥委員會併入衛生福利部成為「中醫藥司」，由原來的三級機關提升為二級機關，近幾年本部推動多項中醫藥重大管理措施，在中醫業務方面，辦理中醫醫院暨醫院附設中醫部門評鑑、落實中醫醫療機構負責醫師訓練制度、建構中西醫合作照護模式及中醫日間照護模式，協助中醫多元發展。在中藥管理方面，建立輸入中藥材邊境查驗制度、修正中藥製劑含異常物質限量標準、公告臺灣中藥典、中藥廠全面實施GMP、成立中藥臨床試驗中心、核發中藥新藥許可證及推動藥事法修法，均為中醫藥管理之重大革新。
