帝都出現少年諜報員！前所未有的冒險故事，即將開始！昭和十二年（１９３７）四月。一位少年被捲入可能會左右國家命運的大事件裡。事件發生在本故事的主角‧柴田英人上學途中。正義感強烈的英人遇到一位美少女被人襲擊的場面，二話不說地以他少有的武術天賦擊退壞人，解救了美少女。然而，他卻被自己所解救的美少女奪走初吻與學生手冊。那個美少女再次在英人少年面前出現。英人追美少女追到了一棟建築物外，建築物外頭掛著「神田商會」的門牌，光看外表就讓人覺得很可疑。在這裡，神田商會的人邀請英人少年加入「帝國少年諜報部」…
