本專案審計報告揭露原住民族委員會原住民保留地管理及利用情形，補辦增劃編原住民保留地進度嚴重落後，且完成土地分配之比率偏低；對地方政府執行情形，缺乏完善控管機制及建立績效衡量指標，管考作業未臻周妥；執行原住民保留地權利賦予計畫，完成所有權移轉者僅3成餘，對地方政府未確依計畫執行等缺失疏於控管；未妥訂原住民保留地違規利用處理之績效衡量指標，復未彙整各地方政府辦理情形，實際執行效益未明；原住民保留地租金收支相關規定有欠完備，無法掌控原住民保留地租(使)用概況及租金運用情形；原住民保留地供財團法人租(使)用，未盡主管機關管理督考等職責，經審計部函請行政院督促研謀改善，各權責機關已研提具體改善措施。