擋案是歷史研究不可或缺的第一手史料,目前臺灣學術機構正式設置的檔案館有三所,都在中央研究院。最早的是在1988年成立的中研院近代史研究所檔案館,該館累積近史所自1955年設立以來陸續接收管理的清季總理各國事務衙門、外務部、中華民國政府外交部等舊檔,以及清末以迄民國時期經濟部門檔案,因此,近史所檔案館以外交和經濟等官方檔案,聞名海內外史學界。接著,是2009年成立的臺史所檔案館,承繼自1993年中研院台灣史研究所設立以來,以古文書室之任務編組所進行田野調查與民間文書採集傳統,目前臺史所檔案館以典藏私人檔案與家族文書,以及日治時期機構檔案等,多元來源與多樣性擋案著稱。最晚成立的是2015年史語所為集中管理該所檔案而成立之檔案館,該所珍藏之清廷內閣大庫則暫不歸人檔案館’仍由研究人貢組成之明清檔案工作室繼續管理與研究。