凱糊塗老師帶著科學小組的孩子們去植物園找蔡博士,但到了植物園後發現,植物園被變異植物淹沒了,蔡博士也被變異植物打暈。原來蔡博士發明了一種能讓死去的植物複生的藥水,如果藥水不小心碰到其他植物,這些植物就會變得非常兇猛,會傷害人類。 凱糊塗老師帶著孩子們再次乘坐神書飛船,踏上尋找變異植物的歷程,接連不斷的危機與探險,他們是否能找到“元兇”呢?