國史館臺灣文獻館館藏臺灣省政府衛生處檔案12,991卷，自1940至2001年，收錄臺灣總督府臺中醫院、臺灣省行政長官公署、臺灣省衛生處、省立新竹醫院及國立成功大學醫學院附設醫院等機關檔案。內容有省衛生處及附屬機關人員任免銓審動態、傳染病防疫、衛生醫藥機構及醫事人員管理、衛生營業管理、婦幼衛生、家庭計畫督導及心理衛教、國民保健、藥品及藥商成藥化妝品管理、食品衛生管理、全民健保、農民健康保險、小康計畫、廢棄物及廢水處理、醫療糾紛、各項國際衛生事業、煙毒品處理及山地衛生等。整體而言，實為過往所推動的各項衛生政策留下的紀錄，尤其在傳染病防治方面有亮麗成績，可作為面對當今各項疫病挑戰的參考與借鏡。
