台灣早期之河川發展與管理工作較偏重於治水與利水的水利設施，較少整體環境生態考量，近年來生態保育觀念抬頭，民眾對環境保護需求殷切，然而現有之河川生態資料無法滿足工程單位進行生態環境保護規劃、設計之需求，故需調查或補充現有資料之不足，並整合提供各界做為河川環境規劃、訂定河川環境管理計畫、河川環境營造計畫、河川保育復育計畫及河川治理計畫工程規劃、布置、設計及施工時生態維護考量之參考資料。
為瞭解花蓮溪河川環境及生物特性之長期變化、充實現有之河川生態資料，並掌握自民國92年至105年間河川治理之影響，本計畫就以花蓮溪水系進行全面性生態環境及河川情勢之調查，以瞭解水系環境及生態變遷。
為瞭解花蓮溪河川環境及生物特性之長期變化、充實現有之河川生態資料，並掌握自民國92年至105年間河川治理之影響，本計畫就以花蓮溪水系進行全面性生態環境及河川情勢之調查，以瞭解水系環境及生態變遷。