民國91年至93年期間水利規劃試驗所針對花蓮溪主流及木瓜溪、壽豐溪、萬里溪、馬太鞍溪(馬鞍溪)、光復溪等5大支流進行河川情勢調查,惟經年已久,為瞭解河川環境及生物特性之長期變化、充實現有之河川生態資料,並掌握自民國93年至105年間河川治理之影響,爰於106年起分3年再次就花蓮溪水系進行全面性生態環境及河川情勢之調查,以瞭解水系環境及生態變遷。