本計畫第二年度選定嘉南地區進行集水區尺度地下水資源評估，由河川流量資料推估集水區上游地下水補注量變化，並針對平原區地下水位資料估算建議之區域地下水位管理標準，配合既有水利設施操作情況，以及地下水相關限制條件下綜合分析地下水開發場址區位，最後依計畫建立之地下水位管理標準評估地下水潛能開發量及對區域地下水之影響。
嘉南地區集水區內雨量分布於集水區內東部最大約3,200公釐逐漸往西部遞減至約為1,100公釐，統計分析河川流量成果顯示豐水期約在5月至10月之間，豐枯水期比率皆約為9:1，而計畫區域各子流域之退水係數值結果介於8天至21天，平均值13±5天，顯示集水區非拘限含水層之儲水能力偏低，主要應是沈積環境中泥質比例偏高導致，嘉南平原地下水補注量，年平均值為6.68億噸。
本計畫分析適合地下水開發區域之篩選結果，顯示以鹽水溪流域為界，鹽水溪(含)以北為北段，穩定開發測站排序依次為十份、北門、後港、永康、錦湖、平溪、柳營、龍昌、新化；鹽水溪以南為南段包括成功、仁和、省躬、岡山、楠梓、五林、大社。綜合考慮地下水管制區、地層下陷區與人為開發嚴重影響區因素下，柳營站與永康站則為本年度計畫區之地下水適合開發區位。
為符合本計畫區水資源運用現況，本計畫以地面水水權資料分別估算永康站以及柳營站所在之鹽水溪流域、急水溪流域剩餘地面水量，資料顯示鹽水溪於每年十月、急水溪於十至十二月間地面水資源不足，且二流域水質皆不佳，若進行長期地下水開發恐造成地下水汙染以及區域地下水位過低問題，故僅建議作為備援用水運用(情境七)，在枯水季末之二至四月間，永康站短期(三個月期間)可提供約1,400立方公尺/日水量而柳營站可提供約5,000立方公尺/日水量支應供水系統，以降低既有水資源系統之供水壓力，延緩限水措施之執行時間。