在「一年戰爭」中,THUNDERBOLT宙域的激戰後一年。聯邦發動「THUNDERBOLT行動」想鎮壓得到感應薩克的邪教團‧南洋同盟,伊歐‧弗雷明也駕駛新型的亞特拉斯鋼彈參與行動。而為了讓退化成幼兒的卡拉教授恢復,同時也為了再度駕駛感應薩克,達利爾背叛吉翁公國,投靠南洋同盟。兩人的命運,如今在地球、南洋同盟的感應薩克製造基地「塔阿爾火山基地」再度交錯!