營利事業所得稅查核準則於五十五年訂定發布，配合所得稅法（以下簡稱本法）修正及稽徵作業需要歷經二十一次修正，最近一次修正發布日期為一百零六年一月三日，依一百零七年二月七日修正公布本法第七十一條、第七十五條第四項、第一百十條及第一百二十六條規定，自一百零七年度起，獨資、合夥組織之營利事業辦理營利事業所得稅結算、決算或清算申報時，無須計算及繳納其應納之稅額，其如有短報或漏報所得額情形者，應就稽徵機關核定短漏之所得額，按當年度營利事業所得稅稅率計算之金額為裁處罰鍰之基礎；配合本法修正廢除兩稅合一設算扣抵制度及相關法令更迭，爰修正「營利事業所得稅查核準則」部分條文，修正四條，其修正重點如下：
一、配合自一百零七年一月一日起，廢除兩稅合一設算扣抵制度，營利事業獲配之股利或盈餘毋須區分總額或
淨額，爰修正相關文字。增列合作社、有限合夥及醫療社團法人投資於國內營利事業所獲配之股利或盈餘
不計入所得額之規定。（修正條文第三十條）
二、修正營利事業依勞動基準法規定預估並足額提撥勞工退休準備遙認列費用之規定。（修正條文第七十一條
）
三、修正獨資、合夥組織之營利事業短報或漏報所得額計算罰鍰之基礎。（修正條文第一百十三條）
四、本次修正條文第一百十二條，自一百零七年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。（修正條文第一百十
六條）