《中國文化研究所學報》係由本所委任的編輯委員會負責，實際工作由編輯委員會主席（兼主編）及副主編主持。首任主席為全漢昇教授（1968–78），繼任是劉殿爵教授（1979–94）、陳學霖教授（1995–2011）、張洪年教授（2011–14）、王汎森教授（2014–16）。現任主編為黎志添教授。

《學報》 於1968年9月創刊，第一卷只有一期，從第二卷至第十卷每卷兩期，1980至2009年每年一期，2010年開始又回復每年兩期；第十九卷列為〈創校廿五週年紀念專號〉（1988）；第廿三卷改為新第一期，作為〈中國文化研究所銀禧紀念〉專號（1992）；新第六期列為〈中國文化研究所三十週年紀念〉專號（1997）；第四十七、四十八兩期列為〈中國文化研究所四十週年紀念專號〉（上、下冊）。除第八卷第二期（1976年12月）列為〈明遺民書畫研討會紀錄專刊〉，第十六卷（1985）為〈中國近代思想研討會論文專輯〉外，每期都發刊單篇的中、英文論著，其中又以中文稿為主。

《學報》 刊報論文種類繁雜，體製殊異，上起新舊石器時代，下迄民國。就題材而言，經典文獻、歷史、輿地、文學、哲學思想、 佛道（及其他宗教）、小學、考古、藝術、建築、音樂、儀禮、曆法、醫藥、民俗、人物、中外交通、近現代政治、社會經濟、文化變遷、交流、翻譯等等無不網羅包納。 《學報》採用匿名評審制度，論文均經編委參酌審查報告然後作出決定是否刊登，用昭公正以提昇水準。