抗戰爆發，軍事委員會為適應戰局，劃分全國各接戰地帶，實行戰區制度，閻錫山於民國26年8月11日就任第二戰區司令長官，統率山西軍民對抗日軍侵略，雖軍力落差，山西泰半淪陷，但閻錫山幾乎都坐鎮在司令長官部。
抗戰勝利後，閻錫山回到太原接受日本投降，擔任山西省政府主席、太原綏靖公署主任。民國38年6月，在風雨飄搖中接任行政院院長，並兼任國防部部長，從廣州、重慶、成都到臺北，締造個人政治生涯高峰。民國39年3月，蔣中正總統復行視事，政局穩定後，率內閣總辭，交棒給陳誠。
閻錫山一向重視個人資料之庋藏，不只廣為蒐集，且善加整理保存。其個人檔案於民國60年移交國史館以專檔保存，內容包括「要電錄存」、「各方往來電文」、日記及雜件等，均屬民國歷史重要研究材料。
民國歷史文化學社致力於民國史史料的編纂與出版，近年得悉閻錫山在臺北故居存有閻錫山先生親筆著作、抗戰史料、山西建設史料等豐富典藏，對重構民國時期山西省政輪廓，尤見助益。承臺北市政府文化局與閻伯川紀念會之授權，首先獲得機會出版「閻錫山故居所藏第二戰區史料」叢書，內容包含抗戰時期第二戰區重要戰役經過、第二戰區的經營、第二戰區重要人物錄、第二戰區為國犧牲軍民紀實，以及第二戰區八年的大事記等，均屬研究第二戰區與華北戰場的基本重要資料。
《第二戰區抗戰要役紀》收錄閻錫山故居庋藏「第二戰區抗戰要役紀」第一集與第二集初稿，由許預甲所編纂。書中內容，起自民國26年8月的南口會戰，終至民國29年中的第三次晉東南會戰，為第二戰區作為華北堡壘、西北屏障，於抗戰初、中期，以晉綏軍為本體，搭配空軍、西北軍、中央軍、第十八集團軍等部隊，完成支持華北、保障西北、掩護西南的四個階段作戰任務。