「黑色巨人」阿爾瑪洛斯與朗基努斯之槍,使地球遭受前所未有的天災地變……這是為了新「人類補完計畫」所進行的「重啟」。 在北非的「人體之谷」向阿爾瑪洛斯發起挑戰,卻被奪走自身「心臟」,慘遭敗北的真嗣和超級福音戰士,與貳號機融合成紅色巨人「Crimson A1」而歸來的明日香,以及對自身存在感到苦惱的兩名綾波零「特洛瓦」與「卡特爾」……迷惘的適任者們將何去何從? 而人類為了對抗阿爾瑪洛斯與其眷屬...