某一天,地球突然滅亡了。正當人們絕望之際,一個自稱為「Y」的鐘錶技師出現,並以齒輪重現了地球所有機能。這顆由無數齒輪構成的星球,就被稱為「時鐘機關之星」。一千年後,一個從空中墜落的貨櫃,砸中了生活在日本京都區的少年.見浦直人的家。直人修復了貨櫃中名為琉紫的自動人偶,並成為了她的主人。另一方面,天才鐘錶技師瑪莉面臨兩千萬人即將因為一場陰謀而犧牲,但她卻無力拯救的困境。此時,直人與琉紫出現在她的眼前…