當歌琉多等人離開學校時，無人留守的新型學園船‧第二代葛摩諾亞遭受『威脅』大軍團團包圍。不對，船上並非無人，身受重傷化為水晶雕像並等待恢復原狀，歌琉多無可取代的舊友‧戟葉等人還在最下層船艙中。這次遇上了真正的『威脅』，將發生何事還是未知數，儘管如此，歌琉多一行人仍然選擇奪回學校，但此時負責指揮全校師生的學生會長‧鏡華卻遭遇了另一項難題――一名若無其事地現身的美女，身為多國聯軍代表，也是將青澀的復仇者...
