清代軍機處設置於雍正七年(1729),當時清廷正對西北用兵,清世宗以原處理國家軍政大事的中樞機構「內閣」位在太和門外,辦事人多,容易洩漏軍情,因而改在內廷隆宗門內設置「軍機房」,集中事權,總理軍需。雍正十年(1732)三月,鑄「辦理軍機事務」銀質印信,於是「軍機房」又名「辦理軍機事務處」,簡稱「軍機處」,軍機大臣則由皇帝擇親信之親王、大學士、尚書及侍郎等出任。其職掌除參決軍國大政,舉凡戎略、內政、外交、財政無不總攬,逐漸取代了清初「內閣」的地位,成為清廷執政中樞機構。嗣後乾隆、嘉慶、道光、咸豐、同治、光緒、宣統諸朝相繼承襲,至宣統三年(1911)四月,責任內閣成立,軍機處才在時代潮流中裁撤。
軍機處參與主宰清廷政務長達一百八十餘年,保留下來的檔案,自然十分豐富。本院所藏四十萬件清代檔案中,軍機處檔便佔了半數,約二十餘萬件冊,大致可分為兩大類:
(一)「月摺包-軍機處奏摺錄副」