來自月球的巨大岩盤「黃泉比良?」朝著邁向毀滅的地球飛來。
在小光的Heurtebise擊敗黑色巨人阿爾瑪洛斯,超級福音戰士與真嗣使岩盤平安降落後,
地球理應脫離了危機。
然而小光與Heurtebise卻化身為新的阿爾瑪洛斯,使邁向破滅的齒輪再度轉動。
時間停止在第三次衝擊之前,成為「夢中存在」的真嗣,
駕駛福音戰士最終號機趕赴最後的戰鬥。
他們能將世界從「人類補完計畫」的牢籠中解放嗎?
自電視動畫版第24集分歧衍生,《新世紀福音戰士》另一個可能性的故事,
在經過十年歲月後就此完結。
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