從「一年戰爭」的THUNDERBOLT宙域就展開激戰的達利爾‧羅倫茲及伊歐‧弗雷明,這場宿命的對決再度從地球發展到宇宙間。南洋同盟的達利爾為感應薩克裝上了鋼彈裝甲,讓「完美鋼彈」成真了。他們襲擊月神二號,並取得了新人類專用MA(機動裝甲)布勞.普羅。為了對抗這壓倒性的戰力,地球聯邦軍的伊歐與新人類莉莉組成搭檔,搭上了完美吉昂。然後眾人再度回到戰爭的舞台……再一次來到THUNDERBOLT宙域──