武士階層掌握中央及地方實權的幕府時代長達近七百年。
一一九二年，源賴朝從朝廷取得征夷大將軍稱號，武士貴族專權自此始。日本正式進入了武士階層掌握政權的幕府政治時期。在這個時期內，以天皇為首的貴族政權的朝廷仍舊在京都存在著，以將軍為首的武士政權——幕府與朝廷同時並存，將軍名義上由天皇任命，實際上卻是掌握實權的最高統治者。
室町幕府：南北兩朝的統一
足利尊氏不滿後醍醐天皇輕視武士利益的政策，起兵反叛，一三三六年攻佔京都，立光明天皇為傀儡。在京都開設幕府。同年十二月，後醍醐天皇逃往京都以南的吉野，自稱正統，形成南北兩個朝廷的對立。至第三代將軍足利義滿時，幕府達到全盛，一三九二年合併南北朝，朝廷名存實亡。這時幕府機構進一步完善：將軍下設管領，總轄幕政，輔佐將軍，其下設侍所司警衛、政所司財政、問注司文書、評定眾和引付方司訴訟。室町幕府實際是以將軍為中心和強大守護大名的聯合政權。
統治各「國」的守護大名
