スーパーマンの息子ジョナサンとバットマンの息子ダミアンがタッグを組んだ次世代スーパーコンビの大冒険も本作でひとまず完結する。様々な危機を乗り越え、成長した二人。そんな彼らのもとに、突如ダミアンの母タリアが現れた。タリアは自分が率いる暗殺者集団に息子を戻すことが目的だった。ジョナサンは、ダミアンが幼少の頃から母親から暗殺者教育を受けていたことを初めて知るのだが、はたしてコンビの関係性は維持できるのだ...