爲了終結與美軍之間的戰鬥，巴比倫２世前往了「51區」。另一方面，美軍利用超文明技術來大幅提升軍事上的技術，將在赤坂追逐巴比倫２世的宇宙生物「病毒」改良，進一步開發出「量產型病毒」。巴比倫２世VS三千病毒!?未曾遭遇過的絕望之戰即將展開——
