二○五四年日本因為時間戰爭而成了混淆在過去與未來，被瓜分成群雄割據的島國。大正二二年，男主角正一搭乘由長崎出港的調查船遭到鎧甲武士組成的水軍的襲擊。特務咆哮艦的前進道路上陸續出現土偶軍團、巨人，被特務咆哮艦所救的正一捲入一場超越戰士和時代的戰役！
