在打倒使徒後，EVA 初號機的插入栓內失去了真嗣的蹤影。為了將他救出還原，於是NERV開始了打撈計畫。而另一方面，綾波零也開始發現到自己正在改變中。真嗣能順利的再次回來嗎？而在NERV背後活躍的神祕組織，又將會對這一連串脫軌的事件採取什麼樣的行動呢？
