由於美國第二支部被消滅，剩下的EVA參號機就被送到了NERV本部。三號機第四適任者─鈴原冬二被使徒控制，因此在司令部的命令下，零號機破壞了三號機....。無法面對冬二死亡的事實，讓真嗣險些發生意外，也讓他決定不再駕駛初號機。但是接下來的使徒接連破壞了明日香的二號機，綾波的零號機帶著N2炸彈想要和使徒同歸於盡，結果仍不能擊敗使徒；真嗣再度駕駛初號機出擊，但是初號機超出控制界限，開始失去控制了....！
