茅野?(?在日文中有書籤的涵義)，是一個小學四年級的女生，父母親在她很小時已經離異，她與母親同住。她的媽媽是報章雜誌的編輯，也為地方小報撰寫專欄。她的父親則是一位作家。或許因為這樣的緣故，小?最大的興趣就是看書，經常到雲峰市立圖書館借書、看書，並把在圖書館館員的表姐美彌子當成偶像。
故事由五個短篇事件組成，描寫主角小?在圖書館中遇見不同的事件，嘗試從中抽絲剝繭，找出謎題的解答，或是解決遇到的問題。

第一章   魔女的書之謎
一個三歲的小女孩指著高年級才看懂的文字小說，說：「這是我的書。」這是怎麼一回事？為什麼三歲小女孩會自己跑到圖書館來，還會一直說媽媽是來圖書館工作的。而且，轉眼間又跑不見了。小女孩的媽媽到底是誰？是來圖書館工作，卻又不是圖書館員？不識字的三歲孩子又怎麼可能看懂小說呢？

第二章   古老的書之謎
安川同學家有一本逾期六十年的書，他想歸還，卻又怕被罰錢。但是，雲峰市立圖書館最有名的就是，除了影印費之外，是不收取民眾任何費用的。這本書的借期是安川同學年紀的六倍耶！而且，那時候雲峰市立圖書館應該也還沒有設立吧？到底那又是怎樣的一本書，會讓人借了六十年了，才想要歸還給圖書館呢？

第三章   濕掉的書之謎
還書箱被惡作劇，倒進了泥水。但奇怪的是，這一次的濕掉的書中還夾雜著河邊的小草。到底誰是兇手？對愛書的小?而言，可是怎麼樣也想不通，怎麼會有人刻意這樣惡作劇啊！

第四章   消失的書之謎
小?想要介紹一些自己覺得不錯的奇幻作品給同學讀。但怎麼樣也找不到顯示在架上的書。原來是因為圖書館有一批書失竊了。小?和同學扮起偵探，想要找出兇手到底是誰，便在圖書館裡「監視」起讀者來了。但卻馬上被美彌子表姊制止了。小?想了很久，才找出失竊的書的共通點。但是，該怎麼找回那一批書呢？偷書的人，又為了什麼理由偷書呢？

第五章   終章也是序章
圖書館館長邀請了知名作家關根要先生來演講。因此圖書館裡顯得有些熱鬧，甚至還有小孩子在圖書館裡吵鬧，但父母卻在旁邊充耳不聞。小?鼓起勇氣制止小孩子的吵鬧，小男孩的母親卻不理會小?，只是輕輕的嚇唬了孩子而已。此時，關根要先生卻出面教訓了孩子的母親。而小?在一旁害羞了起來，也覺得這個關根要先生似曾相似呢。他是……