上海國際問題研究院長期與淡江學大國際研究學院進行學術合作。尤其是雙方每年合辦學術研討會，已經連續舉辦十七屆，不曾中斷，確實難得。

雙方第十七屆會議，係不久前於二○一三年三月二十五日在淡江大學校園舉行。會議的副題「和平與互惠的新機會」，乃切合當前兩岸關係與國際情勢的發展狀態。

本次會議適值中國大陸新領導人習近平國家主席與總理李克強在中共十八大之後就職。目前中國大陸在對台政策上已有新的基本規劃，故會中有同仁特地發表研判習近平國家主席未來兩岸政策的文章。

尤其，雙方皆對兩岸關係和平發展的穩定性與制度化問題提出論文。另外，淡大國際學院亦就兩岸政府交涉互設辦事機構的發展提出研析。而此刻民進黨正檢討其對大陸的政策，淡大國際學院亦針對此項重要發展提出看法。

美國歐巴馬政府近年提出重新重視亞洲戰略地位的調整政策。而釣魚台爭議所引發的緊張情勢迄今並未完全平息，本次研討會亦有文章加以研析。尤其，中國大陸海洋安全觀的嬗變問題，亦在本次研討會中受到重視。

最後，兩岸高等教育的交流，雖然日漸蓬勃，但雙方政府各自有不得不加以限制的立場。相關的瓶頸問題，在本次會議中亦有所討論，所談的內容亦頗見深度。

由於海峽兩岸交往日益頻繁，不少新的議題產生，諸多攸關民眾權益之公權力問題須要協商解決，譬如婚姻、財產繼承、公證文書驗證、文教與經貿交流、及協商等，在兩岸相互不做出國家承認下，若僅由海基與海協兩會互動溝通與傳遞訊息，難免有所不夠，一旦對方原意無法被了解或遭誤判，容易傷及公權力的行使，因此未來海基與海協兩會互設辦事機構，在各自的政府授權下，最好是一個「綜合性的單位」，其職權除了從事文書驗證、糾紛調處與強化人身安全，更需要服務雙方的商人、學生和旅客，甚至納入核發簽證與兩岸通行證(台胞證與入台證)等業務，如此更展現公權力的執行，就完全體現兩岸互不否認各自政府治權的事實。